馬英九出奇招，讓台聯出身的賴幸媛接掌陸委會，引來反彈聲浪；有人質疑她是真獨？還是假獨？前台聯同志甚至批她引進紅衫軍，還有紅衫軍密友，指的就是許多人口中賴的男朋友蔡建仁。

四月三十日當天，賴幸媛都在家思考第二天的記者會情況，樓下各家媒體大陣仗守在門口，她就是不回應，連按電鈴都沒人理，直到包括毛巾公會及友人陸續送了四、五籃花，才終於打破門口的寧靜。

鄰居說，賴幸媛一直是一個人住，之前常看到她男友進出，但也已經有好一陣子沒見到了，所以猜想賴可能恢復單身。過去，大家印象中賴是個關心弱勢，也因反對中國傾銷毛巾，以及抗議連戰、江丙坤訪中國大陸等言行，長期來被染上獨派色彩，讓馬英九這項人事案引發藍營支持者及對岸強烈反彈。

但看在台聯和綠營同仁眼中，賴幸媛一點都不獨，甚至還不斷指出她的男友蔡建仁是紅衫軍的一分子，而她立院時代的助理集團請辭時，公開批判她是真左？假左？蔡建仁的好友林正杰，也承認蔡是廣義的紅衫軍。究竟賴幸媛的真假獨？真假左？讓人看不清。

四月二十八日，劉兆玄宣布最後一波內閣人事案，原本各界最受矚目的應該是教育部長人選，沒想到陸委會主委由前台聯立委賴幸媛接任，為內閣人事投下一顆震撼彈。

面對外界砲火聲，與賴深交的媒體人周玉蔻覺得相當不公平，在她的認知中，賴幸媛學歷好、公正，能力與耐力更是驚人，甚至認為賴幸媛可以耐著性子與廖本煙這些「壞蛋」周旋，把他們趕出去了，日後處理大陸事務也沒有問題。

內閣人事先前一再被批評沒有新意，但賴幸媛的出線卻讓大家跌破眼鏡；其實台聯內部私下討論，認為賴幸媛入閣並不讓人意外。

台聯人士分析，馬英九自許當個全民總統，一定會希望新政府有本土色彩在內；但民進黨是最大的在野黨，合作的可能幾乎等於零，找台聯這樣的小黨聯盟是最可行的。選定合作的政黨後，接下來就是在台聯內部找適合的人選。「賴幸媛在台聯裡面，真的表現很好。」黨部人員分析。